Under-nul, Scorpion, Reptil, Regn, Ermac, Noob Saibot, Straiker og Sindel mistede deres supermagter (undtagen Ermac) og vil dræbe hinanden ved hjælp af almindelige ting. Du spiller som Sub-zÐ & micro; ro, og du skal ødelægge dem alle, forblive i live...